1910, nuit d'orage à Rizenbul, petit village de campagne, un éclair différent des autres zèbre le ciel obscur. C'est la réaction d'une transmutation. Une opération d'alchimie, science reconnue de ce monde parallèle au notre, qu'ont lancée Edward, 11 ans, et Alfonse son frère d'un an son cadet.
Ce soir-là les frères Elric ont tenté de recréer leur mère, avec l'alchimie. Ce soir-là, ils ont commis un péché, un crime et une abherration contre-nature qu'ils payeront de leur propre personne et qu'il devront supporter toute leur vie ayant reçu la marque définitive de leur châtiment.
Cependant, un espoir subsiste malgré tout, cette lueur réside en une légende, le rêve de tout alchimiste, la réponse ultime, un joyau divin, le pouvoir d'exercer l'alchimie sans pour autant avoir à subir les règles de la nature qui régissent toute science. Cet espoir serait le moyen de réparer leur faute.
A partir de là, les deux frères vont s'acharner contre le destin pour obtenir cette deuxième chance, vont voyager sans répit durant 4 années, se plier à une autorité insoutenable et lutter contre d'autres qui convoitent également et tout aussi ardemment l'objet de leur quête.
Là commence notre histoire...